Гюлен родился в скромной семье в Эрзуруме, Турция, в 1941 году и вырос в духовно обогащающей среде. Он посещал государственную начальную школу в течение трех лет, но не смог продолжить обучение из-за назначения его отца в деревню, где не было государственной школы. Позже он получил свой диплом путем самостоятельного изучения и сдачи комплексного экзамена. Его религиозное образование состояло из изучения классических исламских наук, таких как чтение и запоминание Корана, толкование (тафсир), арабский язык, Пророческая традиция (хадисы), а также духовная традиция ислама (тасаввуф), которую он изучал у известных ученых и духовных учителей своего родного города, таких как Мухаммед Лутфи Эфенди об Альваре.
В 1950-х годах Гюлен завершил свое религиозное образование и стажировку у различных выдающихся ученых и суфийских мастеров, что привело к получению традиционной исламской иджазы (лицензии на преподавание). Это образование предоставлялось почти полностью в рамках неформальной системы, молчаливо игнорируемой и не поддерживаемой государством и работающей параллельно с его системой образования. В то же время Гюлен продолжил и завершил свое среднее светское образование с помощью внешних экзаменов. В конце пятидесятых годов он наткнулся на сборники научной работы Саида Нурси “Рисале-и-Нур” (“Послания света”), но никогда не встречался с ее знаменитым автором.
После сдачи экзамена, проведенного Турецкой государственной администрацией по делам религий (Diyanet Isleri Baskanligi) в 1958 году, он получил государственную лицензию проповедника и начал проповедовать и преподавать в Эдирне, провинции в европейской части страны. В этот период своей юности у него была возможность углубить свои знания в исламской традиции, неофициально изучать социальные и естественные науки, а также изучать классику как восточной, так и западной философии, и литературы. Среди исторических личностей, оказавших наибольшее влияние на его интеллектуальную жизнь, можно упомянуть Абу Ханифу, Газали, имама Раббани, Руми, Юнуса Эмре и Нурси. Именно его разностороннее отношение к чтению подготовило его к известным всеобъемлющим интерпретациям.